El rechazo en un trasplante de córnea es poco frecuente. Cuando ocurre, se realiza un tratamiento local intensivo con colirios que suele ser efectivo en la mayoría de los casos para revertir el rechazo. Si a pesar del tratamiento el rechazo continúa y la córnea pierde su transparencia de forma irreversible, se puede realizar un nuevo trasplante.